تعمل إدارة التطبيقات على تطوير وتشغيل مختلف النظم والخدمات الإلكترونية لمختلف قطاعات الجامعة وكافة شرائح المستفيدين، وذلك من خلال فريق محلي متخصص أو من خلال الإشراف والمشاركة للشركات المنفذة لبعض المشاريع الكبيرة بالجامعة، ويندرج تحت هذه الإدارة أربعة أقسام (التحليل ، جودة الخدمة ، التطوير والبرمجة ، والتشغيل)، حيث تعمل هذه الأقسام بشكل انسيابي وسلس من بداية دورة حياة الخدمة إلى أن يتم تسليمها للمستفيد ومن ثم يتم دعمها فنياً من خلال قنوات الدعم الفني المفعّلة من قبل العمادة.